К 2039 году произошла глобальная катастрофа, которая раз и навсегда изменила человечество. Это была не экологическая катастрофа, не очередная Мировая война и не эпидемия – нет, произошло то, чего никто не мог предсказать. Будто бы ниоткуда появился так называемый «Призрачный Флот» - вооруженный до зубов неведомый противник, перекрывший людям выход к морям и океанам и отключивший все виды связи. Попытки флота Объединенных Стран дать отпор врагу закончились сокрушительным поражением.
Прошло пятнадцать лет, и у людей появился шанс на спасение. Одна из субмарин «Призрачного флота» была захвачена людьми, но любые попытки изучить ее оканчивались неудачей. Все изменилось, когда Гундзо Тихая, юный кадет военно-морской академии, вступил в контакт с субмариной и завоевал симпатию Ионы – имеющего человеческую форму искусственного интеллекта, управляющего судном. Два года спустя Иона, перешедшая на сторону людей, Гундзо Тихая и его друзья сражаются с «Призрачным флотом» и отражают его атаки, понемногу приближая день, когда человечество освободится от оков.
