Сюжет раскрывает далекое будущее. Земная планета с половиной населения находится под гнетом воинственной империи под названием Иллюмидус. Главный герой, именуемый Харлоком – капитан космического корабля «Призрачная смерть». На борту крейсера находятся беженцы, которые выжили в борьбе против тиранов инопланетных существ, захвативших землю. Подбитый корабль в неравной схватке с противником, вынужден был совершить посадку на оккупированной территории врагов.
На захваченной базе Иллюмидусом, главный персонаж встречает Тотиро Ояму. Тот рассказывает ему об одной найденной технологии, созданной еще далекими предками. Этот великолепный линкор носит название «Аркадия», его так назвали потому, что это была родина, где когда-то проживали благородные пираты-рыцари. Капитан Харлок является одним из представителей этого вымершего рода. И теперь в его сильных руках освобождение Земли от не прошеных захватчиков.
Хэрлок отважный пират, ему нет равных, ни по силе, ни по остроумию. В одиночку ему не справится, поэтому он будет действовать не один. Верные и преданные друзья помогут ему в этом. На своем пути герой встретит любовь, предательство, дружбу и ненависть. Но мужественный Херлок сможет противостоять злу и коварству, ведь он потомок могущественного клана пиратов. А это многое означает.
