Все-таки закончилась такая долгая и нескончаемая жестокая война, которая шла между людьми и компьютерами механоидами. Механоиды захватили власть над всем человечеством. И земля теперь находится под их контролем, но шаткое перемирие все-таки восстановлено.
Адмирал флота людей, парень Зеро участвовал в космической войне. А теперь занимается тем, что служит капитаном на буксирном судне. Он потерял на страшной войне свою семью. Теперь же он, верно, служит и защищает родные земли. Однажды, получив приказ, буксирское судно героя попало под атаку пиратского корабля под названием тень смерти. В неравном бою команда Зеро проигрывает. Чуть позже группа адмирала получила другое важное задание. Эта миссия состоит в том, чтобы захватить страшного пирата, которого все боятся, по имени Харлок. Выясняется, что это тот самый пират, битву которому проиграл храбрый Зеро.
Теперь Зеро очень воинственно настроен. Он просто обязан победить, чтобы его славное имя очистилось от неудачного проигрыша. Под флагом независимого флота, со своей командой, которая состоит из людей и машин, Зеро отправляется в экспедицию по поимке Харлока. Но ему придется хорошо постараться, чтобы найти капитана по кличке "Смерть".
