Доктор Дэн Комиоджи – гениальный учёный, специализирующийся на создании высокотехнологичных роботов. Однажды он спасает от смерти раненого мальчика Дзиро и, чтобы тот не умер, заменяет его тело на роботизированное. Теперь он становится киборгом, получившим от профессора новое имя Кикайдер. Но при этом он остаётся очень человечным, да и вообще испытывает все человеческие эмоции, понимая разницу между добром и злом.
В это время в лаборатории происходит странный неожиданный взрыв, и доктор Комиоджи погибает. Этот взрыв – дело рук злейшего врага и конкурента профессора, злобного доктора Гилла, желающего создать мощную армию киборгов и с её помощью захватить весь мир. Он также хочет заполучить в свои руки Кикайдера, ведь он – самое гениальное изобретение погибшего профессора.
Теперь Кикайдер должен защититься от Гилла и сорвать его планы по захвату мира, а также защитить детей профессора Комиоджи – Мицуко и Масару. Мицуко, симпатизирующая Кикайдеру, начинает помогать ему использовать его способности, которые он получил вместе с роботизированным телом. Так начинаются их приключения, в ходе которых они много узнают о тайнах профессора Комиоджи и о противостоянии двух учёных
