После годовой войны между Зионом и Земной Федерацией был подписан Мир. Спустя три года после поражения Княжества Зиона остатки их вооруженных сил решают вновь разжечь пламя войны, взяв Гандам с помощью сверхсекретного Супер Прототипа, Гандама GP-02A «Физалис», который вооружен ядерной базукой. Пилот Федерации Земли-новичка Коу Ураки, присутствовавший во время кражи, командует еще одним находящимся поблизости Гандамом, GP-01 "Zephyranthes", в попытке захватить GP-02.
Федерация отвечает тем, что посылает команду для захвата или уничтожения GP-02, и Коу оказывается назначенным пилотом GP-01 для выполнения задачи по восстановлению GP-02 и прохождению общего тестирования, которое предназначалось для двух гандамов с дизайнером Ниной Пиртон.
Так начинается «Операция Звездная пыль», план остатков Зиона, чтобы продемонстрировать бессилие Федерации Земли и вдохновить новое восстание против них. Естественно, все не так просто, как кажется на первый взгляд. Главный вопрос состоит в том, что сможет ли Коу сразиться с Кошмаром Соломона и остановить Зеон, пока не стало слишком поздно?
