После уничтожения космической команды, исследовавших Луну, и захвата корабля инопланетными силами в 1967 году, планета сталкивается с этими внеземными силами. С целью порабощения населения Земли инопланетяне захватывают многие страны, но Япония дает отпор и сохраняет свои земли от контроля чужаков. На фронт отправляется юная девушка, из чистокровного рода самураев, Юи. Нашей героине придется сражаться с инопланетянами, которые уже получили название BETA (Beings of Extra Terrestrial). В военное время Юи придется пережить заметные трансформации в психике, но не смотря на это она сможет найти в этом хаосе настоящего друга Юе.
В этой части аниме под названием Alternative после 3 лет окончания Muv-Luv Unlimited, Такеру просыпается в своей комнате. Ему все кажется приснившимся долгим сном, хотя он осознает что что то идет не так и понимает его перенесли в прошлое, к действиям Unlimited. Не желая принимать что-то вроде Альтернативы V, он решает помочь профессору Кодзуки завершить Альтернативу IV и спасти человечество.
