После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет...

Старшеклассник Ю, его друг Хару и их подруга детства Котона путешествуют из так называемой Второй страны в реальный мир и обратно. Когда жизнь Котоны оказывается под угрозой, всем троим придется сделать окончательный выбор....