В альтернативной вселенной девушки Фубуки, Юдати и Муцуки являются духами военных кораблей и субмарин времён Второй мировой войны. Однажды на землю из глубин морей вторгаются неизвестные враги, называющие себя Флотом глубокого моря. Большая часть водных территорий уже и так принадлежит им, но они заявляют о своём намерении захватить и сушу. На морскую базу, где девочки-корабли активно тренируются противостоять незваному врагу, прибывает Фубуки — корабль класса эсминец. С этого момента...

Действия происходят после двух сезонов одноименного сериала. Здесь зрителей ждут прежние герои, и, как всегда, город Тэнгу, где и разворачиваются события аниме. Неизвестная огромная прозрачная сфера каким-то немыслимым образом поглотила целый город и всех его жителей, а из сферы исходят волны, имеющие энергию. Никто из людей не понимает, как она возникла и для чего она необходима. Вместе с этими происходящими событиями в городе появилась новенькая девушка, которую никто до этого не знал и не...