В далёком прошлом на Луне существовало королевство — Серебряное Тысячелетие. Оно мирно сосуществовало с Землей. Принц Земли Эндимион и принцесса Луны Серенити полюбили друг друга, но люди, охваченные тёмной силой, напали на Серебряное Тысячелетие. Воспользовавшись силой Иллюзорного Серебряного Кристалла Королева Серенити сумела остановить захватчиков, но её королевство было уничтожено. Всё, что смогла сделать Королева Серенити, это устроить так, чтобы её дочь и её воины-хранители родились вновь...

Действие разворачивается в Академгородке, где 80% из 2 300 000 жителей — студенты. На этот раз главная героиня - очаровательная девушка по имени Мисака Микото, очень сильный экстрасенс пятого уровня по прозвищу Рейлган, которое ей дали за умение виртуозно обращаться с электричеством....

Столетия назад землю населяли огромные звери. Они были такие большие, что могли сравняться с горами и легко переходили реки вброд. Они были сильными и ловкими и не было ни одного врага, способного их сокрушить. Но опасность, к которой они не могли подготовиться, пришла внезапно. Звери, подвергнувшись воздействию неведомой силы, превратились в камень. Но их магия не исчезла. Она досталась людям, появившимся после зверей. Люди пришли на их земли и стали заселять ее заново, создавая свою...

После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет...